Уже в позднем античном периоде в идеалистической философии проявляется тенденция к сближению с религией. Делается упор на религию и мистику как на источники истины, на задний план отступает система рационального доказательства.
Зарождающееся христианство должно было бороться за свое "место под солнцем" с античной языческой философией. Философские элементы христианского мышления постепенно развивались в конфронтации с античной мудростью. В хаосе переплетений различных учений и взглядов выступают три основные тенденции. С одной стороны, полностью отвергаются античная образованность и философия и все истинное и доброе исходит лишь из божественного откровения (например, Тертуллиан); с другой стороны, античная философия принимается положительно как инструмент познания Бога (например, гностики). Где-то посредине этих крайних воззрений находятся сторонники гармонического сотрудничества между "божественной" и "философской" мудростью при признании первенства божественного принципа (апологеты, александрийская школа, Августин и Псевдо – Дионисий).
Христианство было вынуждено с самого начала противостоять враждебному окружению. Однако его единству угрожали и внутренние противоречия – необходимо было разделаться со многими течениями, пытавшимися соединить христианство с нехристианскими элементами.
Самым распространенным и наиболее опасным для христианства течением был: гностицизм, наибольший расцвет которого приходится на середину II в. Гностицизм был одним из многочисленных и сложных явлений в истории религии. Он предшествовал христианству и исходил из религиозно-мифологических представлений Востока (кроме еврейских это были, в частности, элементы вавилонских, персидских, египетских и других представлений). К ним присоединялись философские идеи учения стоика Посидония, Платона и неопифагорейцев.
Гностицизм был предзнаменованием зарождения нового этапа в развитии мышления – средневековой христианской философии. Его характеризовал религиозно-философский синкретизм, проявившийся в христианской форме. По отношению к тому или иному элементу различаются следующие направления гностицизма: иудейский гносис (Василид – ок. 130-142; Валентин – ок. 150), языческий гносис, христианский гносис (Маркион из Синопа, основавший собственную церковь, которая длительное время удерживалась наряду с главной церковью).
Особой чертой, присущей всем направлениям гностицизма, является дуалистическое объяснение мира, источник которого – в персидском зороастризме и в некоторых греческих религиозно-философских направлениях. Согласно воззрениям гностиков, борьба света и тьмы, добра и зла имеет универсальное, космическое значение. Она выступает борьбой материи, т. е. зла, с духом, носителем света и добра. Зло происходит из материи, добро – от Бога.
Важной проблемой гностицизма была теодицея, т. е. доктрина, стремящаяся решить вопрос о происхождении и значении зла в мире, объяснить, почему существует в мире зло, если Бог добр и справедлив. В христианстве она имеет особую роль и вес, ибо эта вера воспринимает, с одной стороны, иудейское представление о мировом творце, а с другой стороны, мир для нее является местонахождением греха, спастись от которого можно лишь верой во Христа. Здесь с необходимостью встает вопрос, почему всемогущий бог создал мир зла, выход из которого для человека заключается лишь в искуплении.
Гностики решают проблему так: различают бога-творца и бога-искупителя. Таким образом, существуют два божества: бог как всеблагой искупитель и подчиненный ему, даже враждебный, творец (демиург) мира. Гностическое понимание божества обусловлено специфическим представлением о месте человека в мире и о его искуплении. Грешность – это не вина человека, так как душа индивидуального человека является лишь полем боя, на котором происходит вечный спор между добрым и злым принципами. Согласно гностикам, эту борьбу между добром и злом человек наблюдает и познает.
Существенной чертой гностицизма была мистика. Превращение Бога в человека и соединение с ним являются великим таинством христианского учения. Мистическая направленность этого учения отвергает логику разума и основывается на неописуемом, бессознательном, экстатическом соединении с Богом и другими сверхъестественными силами и явлениями. Познание Бога у гностиков не рационально, а имеет сверхъестественное содержание.
К концу II столетия формирующаяся официальная церковь начинает вести борьбу с гностицизмом. Причиной этого был, прежде всего, недоступный большинству верующих уровень его суждений. Гностики, как правило, весьма сложно, в аллегорической форме интерпретировали Библию, а это открывало путь к ереси. Неприемлемыми были также их туманные, псевдофилософские и мифологические объяснения. Крайний дуализм этого учения был основан на полной независимости материи от Бога, ограничивал божественное всемогущество и тем самым подрывал монотеистическую сущность христианства.
Манихейство относится к еретическим учениям близким к гностицизму. Его основателем был персидский мыслитель Мани (лат. Манихеус), который жил примерно в 216-270 гг. и происходил из царского рода. В Индии его считали автором новой религии.
В манихействе зороастрийский дуализм был доведен до классического вида. Свет и тьма суть двойное начало одновременно божественного и дьявольского происхождения, между ними происходит постоянная борьба. Человеческая душа также понимается дуалистически, одна ее часть произошла из света, другая – из тьмы. Там, где есть красота, душа побеждает материю, и, наоборот, в безобразном одерживает верх материя.
Манихейство указывает и путь преодоления зла. Человек может быть спасен, но для этого необходимо, чтобы он отдался наистрожайшему аскетизму, напоминающему буддийский. "Ведающему" человеку предписаны многие строжайшие запреты (запрет употреблять мясо, запрет сексуальных удовольствий, занятий обычным физическим трудом), в то же время лишь "слушающему" (послушнику) эти запреты смягчены, что напоминает буддийское деление на монахов и светских последователей.
От учения христианской церкви манихейство основательно отличается отбрасыванием Ветхого завета, дуалистическим учением о двух царствах и особой идеей искупления, которая предписывает человеку, согласно указанию Иисуса, самому реализовать свое искупление. Манихейское учение распространилось, прежде всего, на Востоке, в Южной Европе и Северной Африке, где оно образовало самостоятельную религиозную общину и одно время было опасным для христианства. Манихейские общины удерживались почти в течение всего средневековья.